Eliminar las entradas que aparecen en la barra de direcciones sin borrar el Historial

Debes editar el Registro de Windows, para ello  vamos al menú Inicio->Ejecutar y escribimos regedit
Ahora busca esta subclave:

HKEY_CURRENT_USERSoftwareMicrosoftInternet ExplorerTypedURLs

y en el panel derecho verás todas las URL que ingresaste.
Elimina las indeseables