No se bien bien a que te quieres referir. Los programas en linux suelen venir como código fuente o como binarios precompilados. Si viene en código fuente (normalmente comprimidos en archivos con extensión tar.gz tar.bz2 o tgz) se descomprimen con tar -xvzf o tar -xvjf y por ahí hay un archivo README o un INSTALL que te dice que comandos has de poner para ejecutar ese archivo en concreto.
Si son binarios precompilados (los mas comunes son .deb(debian y derivadas) y .rpm (redHat, fedora, mandrake y suse...) simplemente se abren desde una ventana de un escritorio y te dará la opción de instalarlos, aunque también se pueden instalar mediante linea de comandos.