Yo te diría que lo hagas :d.
No perdés ningún tipo de archivos/programas, ni ellos sufrirán ninguna modificación de ningún tipo.
El desfragmentador lo que hace, es llenar las pistas y sectores del disco en forma ordenada, logrando un mayor rendimiento de tu pc.
Cuando se lo pases, si se lo pasás, que el monitor se apague, y que el protector de pantalla no aparezca.Apagá el monitor manualmente, y listo si deseás.Pero no protector de pantalla, ni apagado de monitor no manual.
El tiempo, dependerá de tu ordenador :d...
Saludos! espero que te haya servido.