Ahora me fijo en la imagen, las columnas de iconos están más separadas de lo que es normal, ¿has cambiado algún registro o empleado un programa que pueda haber desconfigurado la alineación de los iconos? Porque recuerdo que en Windows 7 se podía personalizar ese espacio desde el sistema, pero en Windows 10 solo se puede cambiar modificando las entradas del registro "IconSpacing" y "IconverticalSpacing".
Si se trata de una desconfiguración podrías hacer una Restauración del sistema a un punto anterior a ese cambio que has detectado, o bien alinear el resto de iconos a su sitio natural, irlos moviendo debajo de ese icono que dices no te aparece alineado.
Saludos. Kbite