Hola juanjoselive.
Hazlo con la máquina apagada. A menos que te quieras quedar sin disco. La única manera que hay es marcarlo como dico removible (como si estuviera en un rack de removible), lo que nos permitirá aparcar el disco antes de desconectarlo y arrancarlo propiamente. Igualmente es un peligro hacerlo con la máquina prendida, ya que, por ejemplo, puedes cargar su placa controladora de estática y al conectarlo que se queme algo.
Saludos.